No se conoce ninguna reseña documental sobre los orígenes o fundación del actual lugar de Piqueras, aunque como la mayoría de lugares de la zona, puede datarse en el siglo XII durante la época de la repoblación que siguió a la reconquista del territorio por el rey aragonés Alfonso I el Batallador y su posterior entrega como Señorío independiente al conde castellano Don Manrique de Lara, quien le dotó de Fuero propio, lo que propició una rápida llegada de nuevos pobladores.

Durante la guerra de los dos Pedros en el siglo XIV Piqueras, fue duramente castigado, tanto por aragoneses como por castellanos, quedando prácticamente despoblado.

La primera referencia escrita sobre Piqueras, tiene su origen en el censo de iglesias realizado por un clérigo de la diócesis de Sigüenza en el año 1353.
"enlas iglesias de Morcos e piqueras ay dos beneficios e vale el beneficio conla cura que lieba la tercia parte 200 mrs. E vale el beneficio del absente que lieba las dos partes 300 mrs. su. d mrs.". ("Historia de la diócesis de Sigüenza y sus obispos". De Toribio Minguella).

En el siglo XVIII, sobre el año 1732, adquiere el villerazgo a pesar de su reducido tamaño, población, y posiblemente limitación de recursos económicos para ello. Sobre esta misma época aparece como propiedad del Conde de Cifuentes, aunque la dependencia de éste debió de ser muy breve, ya que en 1787 aparece nuevamente como villa de realengo.
Como villa de realengo, sus representantes participaban en las Juntas Generales de la Comunidad de Tierra de Molina, donde ocupaban el décimo asiento de los destinados a la Sexma de la Sierra, a la cual pertenece.

Las excavaciones realizadas en 1876 en el paraje de "el Castillejo", lugar próximo al núcleo de población actual de Piqueras, en el que se encontraron restos de cerámica, algún objeto de hierro y algunas monedas de cobre de la época romana , no hacen más que añadir mayores incógnitas sobre los origenes del primer asentamiento humano en Piqueras.